На карте d1_canals_13 за воротами в заливчике есть два водосточных коллектора с решетками. Так вот на одном решетка приоткрыта. Туда можно проникнуть. Однако коллектор полон радиоактивных веществ, поэтому запаситесь большими жизнями или активируйте код, если хотите проникнуть туда. В конце коллекторной трубы вас ждет уютная пещера с поющим вортигонтом, жарящим хедкраба. Расспросите его (клавиша E) - он многое знает.
В лаборатории доктора Кляйнера есть мини-телепорт. При многократном его использовании он выходит из строя, а телепортируемый предмет исчезает.
При первой встрече с Гордоном Барни напоминает, что должен ему пиво. Это является прямой отсылкой первой части игры. Там каждый охранник норовил нас споить (и как мы знаем Барни был охранником и другом Гордона).
Доктор Кляйнер чтит былые времена и при первой встрече (через видеосвязь в комнате для пыток), произносит: "Hello Mr. Freeman!". Это также отсылка к первой части игры. Каждый ученый имел за честь произнести эту фразу.
На свалке, где Аликс дает вам гравипушку, на крыше сарая справа можно найти старый щиток от HEV-подзарядки из Half-Life.
На уровнях с побережьем можно увидеть следующую пасхалку. Покиньте свой багги и отойдите от него на некоторое расстояние, подождите и вы будете вознаграждены мини-сценкой. На ваш багги присядет чайка и нагадит вам на транспорт, после чего улетит.
На свалке, где вы учитесь управлению гравипушкой, вам дадут металлический шар, который можно закинуть в баскетбольное кольцо поблизости. Аликс прокомментирует попадание фразой: "Nice Shot".